Zwischensignale 42, 21 und 41 vor der Einfahrt an den Tunnelbahnsteig Hbf
An der Einfahrt in den Hbf aus Richtung Berliner Tor steht das Signal 41 wegen der besseren Signalsicht in der Rechtskurve links und als Folge dessen auch die beiden anderen Signale. Deshalb sind alle drei Signale mit einem im Signalbuch nicht vorgesehenen Zuordnungspfeil gekennzeichnet, denn mit Schachbrettafeln wäre das nicht zu lösen, zumal bei der S-Bahn im Gegensatz zur Fernbahn keine vorgesehen sind. Das So 20, der in den 90ern aus dem Reichsbahnbereich in das DB-Signalbuch übernommene Zuordnungspfeil, kann hier nicht verwendet werden, weil es nicht zur Anwendung an Hauptsignalen oder Signalverbindungen vorgesehen ist.
Statt der Blendenrelais sind Einzellaternen verbaut. Zwischen der zweiten und dritten Laternenreihe ist ein Zwischenraum, damit die Signallichter bei Sv 3 bis Sv 6 einen ausreichenden Abstand haben. Beide Züge fahren gleichzeitig in den Hbf ein, in dem für die S-Bahn zwei Bahnsteigkanten je Richtung vorhanden sind. An beiden Signalen leuchten die Bremspfeile auch bei Sv 1. Am mittleren Signal leuchtet zusätzlich zum Hp 0 auch das Sh 0 des Sperrsignals.
Zwischensignal 506 an der Einfahrt des Hbf aus Richtung Dammtor
Auch das Blendenrelais-Signal 506 hat einen Zuordnungspfeil, obwohl es rechts vom Gleis steht und für das Gleis rechts daneben etwa 30 m weiter ein ebenfalls rechts stehendes Signal vorhanden ist, so daß eine Verwechselung eigentlich auszuschließen ist. Es leuchtet die rechte Lampenreihe des Bremspfeils, die linke Reihe dient als Rückfallebene.
Signal 116 am Bahnsteigende Holstenstraße mit Sv 4 und Zug in Richtung Elbgaustraße
Am Signal 116 ist kein Zwischenraum zwischen der zweiten und dritten Laternenreihe, weshalb sich bei Sv 6 ein recht kleiner vertikaler Abstand ergibt. Da die Aufsicht nicht mehr besetzt ist und mit Ausnahme des Hauptbahnhofs generell auf Selbstabfertigung umgestellt wurde, leuchten die Abfertigungssignale hier nicht mehr. Sie wurden inzwischen ebenfalls entfernt.